Монастырь основан в XV веке вследствие чудесного обретения иконы Николая Чудотворца, которую обнаружили на приплывшем по воде весле. В старину такие весла называли "бабайками">.
Предание говорит, что пришедший из Сергиевой обители инок Иоанн устроил храм, а затем и монастырь. Обитель неоднократно подвергалась нападениям грабителей, была опустошаема пожарами, но вновь восстанавливалась.
К концу XIX века монастырь достиг своего полного благоустройства. Здесь было четыре храма: двухэтажный каменный собор, построенный в 1877 г., посвященный Иверской иконе Божией Матери, Нерукотворному образу Спасителя, Рождеству Христову и Сретения Господня; вторая церковь теплая, во имя свв. Николая чудотворца; третья - во имя свв. Иоанна Златоуста и преп. Сергия Радонежского; четвертая - в честь Успения Божией Матери.
Главной святыней монастыря являлись три чудотворные иконы: свв. Николая Чудотворца, Иверской и Казанской иконы Божией Матери.
Кельи, ограда с башнями сооружены в кон. XVIII - нач. XIX вв., колокольня в 1798. Закрыт в 1920, часть зданий в сер. ХХ в. разобрана. Был занят госпиталем, детской колонией, с 1953 до 1980-х - туберкулезным санаторием, затем заброшен.
С 1998 г. монастырь вновь становится действующим. Идут восстановительные работы церкви Иоанна Златоуста. При монастыре существует целебный источник.