В иконостасе этого храма, на северных дверях, изображен св. Архангел Рафаил, а на южных — царь Салимский Мельхиседек.
В обширной паперти этого храма находилась крышка от древней раки св. Иакова Боровичского, в которой он почивал.
К этой церкви с одной стороны примыкает Казначейский каменный двухэтажный корпус, постройки XVII века. К этому корпусу примыкает высокая каменная башня, с шатровым шестигранным верхом; называемая «Никоновскою», украшенная наверху вызолоченным одноглавым орлом. В этой башне, по монастырскому преданию, помещалась Кутеинская типография.
С другой стороны к этой церкви примыкает двухэтажный каменный братский корпус, называемый «Никоновским», тоже построенный в XVII веке. В этом корпусе, во время пребывая в Иверской обители, проживал святейший патриарх Никон.
Постройка представляет бесстолпный одноглавый одноапсидный храм с галереями по трем сторонам, поставленный на прямоугольный в плане объем Святых ворот с проездной аркой в центре.
Сооружение ходит в комплекс средней линии монастыря, делящей территорию на восточную и западную части. Это градостроительное решение к первому этапу существования ансамбля и сначала было осуществлено в дереве. В 1680-е гг. Афанасий Фомин реализовал данную идею в камне, возведя три постройки. Святые ворота с ц. Михаила Архангела, Казначейский корпус и Михайловскую башню.
Ворота и церковь были завершены первыми – в 1685 г. По договору А. Фомин должен был выстроить пятиглавый храм, причем несколько меньшей высоты, чем стоящий ныне. Однозначных данных ни о выполнении этого договора, ни о капитальной перестройке церкви впоследствии нет.
В течение XIX в. ворота и церковь подвергались переделкам: завершение апсиды изменили с шатрового на купольное; восточные объемы галереи получили развитый классический карниз; были перебиты, заложены и растесаны часть дверных и оконных проемов; утрачена часть фасадного кирпичного декора; искажена композиция лестницы южного объема ворот.