Монастырь основан в XIII в. князем Святославом Всеволодовичем, но от построек того времени ничего не сохранилось.
1238 г. Михаило-Архангельский монастырь был разорен воинами хана Батыя, и восстановление его началось только в 1530 г.
Разоряли монастырь и литовцы; тогда погиб весь архив, и настоятелю монастыря пришлось подавать прошение царю Михаилу Фёдоровичу о том, чтобы царь подтвердил привилегии, дарованные обители прежними государями. Такая грамота действительно была выдана. В монастыре было немало подарков от князя Д.М.Пожарского, у которого недалеко от Юрьева была вотчина – село Лучинское.
Вместо деревянной ограды сооружена каменная стена с башнями, полностью перестроенными в XVIII в.
В 1560 году был построен первый каменный храм, средства на его строительство пожертвовал князь Иван Михайлович Кубенский. В 1636 году храм был с трех сторон окружен папертями, а в конце XVIII века обветшавшее здание было разобрано. Строительство нового собора велось на средства жителей города; работы начались в 1792 году, а закончились в 1806 году. Еще около двух лет продолжалась внутренняя отделка храма, и в 1808 году прибывший специально из Владимира епископ Ксенофонт (Троепольский) освятил новый собор.
В советское время монастырь был закрыт, и архимандритский корпус отдали под музей, но не сразу, а только при содействии известного архитектора и реставратора П.Д. Барановского. В остальных зданиях расположились различные учреждения, так, например, в соборе устроили мельницу. Постепенно все же музей занял весь комплекс монастыря, и в наши дни продолжает оставаться там. В его экспозициях отражена вся история Юрьевского ополья, собрано множество икон и картин, предметов искусства и быта.
Несколько лет назад по договоренности с Владимирской епархией в храме снова стали проводиться богослужения.
Здесь находится гробница князя Дмитрия Святославича, скончавшегося в схиме в 1269 году. При монастыре богадельня.