Основана обитель в 1494 г, преподобным Косьмой, который стал и первым её игуменом.
Косьма соорудил в ней храм Успения Богородицы. Установив порядок иноческого жития, преподобный почил 14 октября 1513 г. Честные мощи его почивают под спудом в соборном храме.
Главную святыню Косьминской обители составляет Яхромский образ Божией Матери, чудесно явленный преподобному основателю монастыря.
В 1666 — 1675 годах здесь был игуменом святой Митрофан Воронежский, с собственноручной надписью которого в монастыре хранится Евангелие.
Этому святителю посвящён в Косьминском монастыре и особый придел в зимней церкви. В 1666-1675 гг., в настоятельство святителя Митрофана, были построены каменная Спасская церковь и келейный корпус - в 1669 г., в 1675 г. - соборная Успенская церковь (в 1906 г. при настоятеле архимандрите Науме в ней устроено духовое отопление).
В 1694 г. появилась Никольская (построена при игумене Сергии). В 1657 г возведена колокольня, на которую в 1909 г. поднят колокол в 311 пудов. В советское время она разрушена, как и каменная ограда с четырьмя башнями.
В 1863 г. игуменом Наумом в монастыре заведено училище на 40 крестьянских мальчиков. В 1879 г. настоятелем монастыря определён игумен Мисаил (Смирнов, в 1883 г. возведён в сан архимандрита). В это время в монастыре было братии: казначей, 3 иеромонаха, 2 иеродиакона, 3 монаха и 16 послушников. Корпус келий надстроен в 1903 г.
В советское время монастырь закрыт и разорён, разрушена часовня над колодцем, ископанным преподобным Косьмой.
Монашеская жизнь возобновлена 15 февраля 1994 г