В 1643 г. в Ильинском по указу патриарха Иосифа (возглавлял Церковь с 1642 по 1652 г.) была построена новая деревянная церковь с двумя престолами: в честь Святого апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Святого пророка Илии. Постройкой заведовал архимандрит Юрьевского Архангельского монастыря Дионисий.
В 1792 г. вместо ветхой деревянной церкви прихожане на свои средства поставили каменную с престолами в честь тех же святых (Апостола и евангелиста Иоанна Богослова и Пророка Божия Илии). При церкви каменная колокольня и ограда.
В 1868 г. в главном храме поставлен новый резной позолоченный иконостас, стены расписаны священными картинами. В 1873 г. в Ильинском приделе также поставлен новый иконостас и вызолочен в 1876 г.
Причт состоял из священника и псаломщика. В приходе только с. Ильинское. В селе была земская народная школа.
В советское время храм закрыт и разграблен. Сломана ограда.