До XVII века монастырь был деревянный. В 1692 году началось строительство трёхглавого собора, которое по бедности монастыря продолжалось 7 лет.
Задуман Васильевский собор был как трехглавый, о чем свидетельствуют сохранившиеся под кровлей основания еще двух барабанов. Но неизвестно, были ли воздвигнуты три главы, а потом две из них разрушены, или Васильевский собор пришлось изначально строить как одноглавый из-за нехватки денег.
В XIX в. к собору была пристроена трехъярусная, несколько приземистая колокольня, украшенная пилястрами и резными карнизами, соединенная с храмом небольшой трапезной.
Рядом трапезная церковь Сретения Владимирской иконы Божьей Матери, заметна редким для Суздаля 8-скатным покрытием кровли.
Указ 1764 г, лишив монастырь водчин, оставил его без казенного содержания. В 1899 г обитель приписали к Ризоположенскому монастырю, обратив в женскую.
Закрытый в 1923 г монастырь использовался для "народно-хозяйственных нужд", в 1950-х г. отреставрирован.
31.01.1995 г вновь зарегистрирована община мужского Васильевского монастыря. И после вывода складов Г.О. монахам пришлось строить новое жилье, т.к. келейный корпус и дом настоятеля по прежнему заняты горожанами.