В застройке Суздаля такие «парные» храмы появились в первой четверти XVIII века и сохранились до XIX века.
Как все зимние храмы, Никольская церковь невысокая, небольшая по размеру. Четырехскатная крыша увенчана всего одним куполом на тонком и высоком барабане.
Один из приделов Никольской церкви – Алексеевский – связан с именем Евдокии Лопухиной, первой жены Петра I, сосланной в Суздаль – она построила придел в память о своем сыне, царевиче Алексее.