По легенде, он был основан во исполнение обета Андрея Константиновича, князя суздальского и нижегородского.
Первые его строения и стены были деревянными, и от них ничего не сохранилось. В XV веке мимо стен небольшого в то время монастыря прошла одна из основных дорог, ведущая из Суздаля в Москву.
В XVI веке князь Василий III жертвует монастырю большие суммы; на эти средства строятся сохранившиеся и поныне Покровский собор, Святые врата с церковью и колокольня. Вероятно, тогда же были построены кельи и ограда, которая не сохранилась. Существующая в наши дни ограда была построена в XVII веке.
Во времена Василия III монастырь переживает наибольший подъем. Великий князь не напрасно оказывал ему такую поддержку: в 1525г. его первая жена, Соломония Юрьевна Сабурова, которую он обвинил в бесплодии, была насильно пострижена в монахини и под именем старицы Софии водворена в Покровский монастырь, а Василий женился на Елене Глинской (в будущем – матери Ивана Грозного).
Кроме Соломонии Сабуровой, в Покровский монастырь Суздаля ссылали и других знатных женщин, попавших в опалу. Их имена сохранились в усыпальнице монастыря. Среди инокинь и стариц, живших здесь, кроме жены Василия III, были дочь и племянница Ивана III, носившие в иночестве имя Александра; Евпраксия, жена князя Владимира Старицкого; Евдокия Богдановна Сабурова и Прасковья Михайловна Соловая, жены царевича Ивана, сына Ивана Грозного; Анна Григорьевна Васильчикова, одна из жен Ивана Грозного; вторая жена царя Василия Шуйского - Мария Петровна Буйносова-Шуйская; Евдокия Федоровна Лопухина, жена Петра I, постриженная под именем Елены. Евдокия Лопухина оставила после себя придел стоящей рядом с монастырем Никольской церкви в память о своем сыне, царевиче Алексее.
Здания монастыря сгруппированы вокруг площади у южной стены собора. Такая композиция встречается и в Спасо-Евфимиевом монастыре, и в других русских монастырях того времени. Выпадает из общего ансамбля Зачатьевская трапезная церковь, построенная несколько позднее, когда на Руси уже формировались другие принципы монастырской застройки.
В монастыре долгое время размещалась гостиница "Покровская", устроенная в стилизованных избах и очень популярная у иностранных туристов. Весной 2008 года гостиница была закрыта и подарена владельцами монастырю. Теперь в деревянных домиках расположены кельи монахинь и приют для девочек. Проход к домикам для туристов закрыт.
В монастырь приезжают не только туристы, но и многочисленные паломники, которых особенно привлекают мощи св. Софии Суздальской (в миру - Соломонии Сабуровой), у которых многие женщины молятся о даровании им детей, а больные - об исцелении.
В ризнице сохраняются древние вещи, жертвованные Иоанном Грозным и другими лицами. При монастыре богадельня для престарелых и больных монахинь.
В юго-западном углу монастыря располагается приказная изба, или судный дом (конец XVIIв.), в которой сейчас открыт филиал музея. В подземелье под каменным зданием находится каменный мешок, где содержались узницы.