Она была сооружена по приказу епископа Серапиона. Массивный восьмерик с широкими арками звона заканчивается шатром с тремя рядами слуховых окошек разной формы. Под шатром сделана небольшая кровля над карнизом – полица, характерный элемент крепостных башен.
В конце XVII века на колокольне были сделаны часы с боем, отбивающие каждый час и каждую четверть часа. Сейчас они отремонтированы, и в кремле можно слышать их звон.
Во втором этаже колокольни были устроены два престола. В конце XVII века по приказу митрополита Иллариона церковь была расширена, к ней пристроили алтарную часть и соединили ее галереей с архиерейскими палатами. С севера колокольню тоже окружили обходной галереей, а с востока пристроили высокое крыльцо с восьмигранным шатром.
В 1719г. во время большого пожара галерея и переходы обрушились и были восстановлены только в 1968г. по проекту А.Д.Варганова.