В 1642г. здесь был похоронен князь Дмитрий Пожарский, герой борьбы с польско-литовскими войсками. В некрополе в XVII веке была поставлена часовня-усыпальница («палатка родителей»). В XVIII веке после указа Екатерины II о секуляризации монастырских земель некрополь был разорен разгневанной братией, а часть плит пущена в ход как строительный материа
Тогда же была разрушена и часовня. Только после Отечественной войны 1812 года имя князя Д.М.Пожарского снова вспомнили.
В 1852 году ученый-историк и археолог граф А.С.Уваров обнаружил в Спасо-Евфимиевом монастыре захоронение Пожарских. Новая усыпальница (мавзолей Пожарских) была построена в 1885г. по проекту архитектора Горностаева.
В 1933г. усыпальница была разобрана, часть плит каррарского мрамора отправилась в Москву. Практически все иконы и прочее внутреннее убранство было утрачено. Только в 1974г. приблизительно на ее месте была поставлена плоская плита с барельефом Д.М. Пожарского.
В 2008 году раскопки в монастыре возобновились. Бетонная плита советских времен была снята и передана детской школе-интернату Кадетского корпуса им. Д.М.Пожарского в г.Радужный Владимирской области. Мавзолей Пожарских был восстановлен по обмерам, чертежам и фотографиям, в большом количестве сохранившимся в архивах.
Новый мавзолей поставлен не на месте прежней усыпальницы, а немного дальше от апсид собора. 10 ноября 2009 года мавзолей был освящен архиепископом Владимирским и Суздальским Евлогием. На месте прежней часовни-усыпальницы установлен памятный каменный крест.