В 1616 г рядом с деревянной Крестовоздвиженской существовала отдельная Борисоглебская церковь с собственным причтом (предполагается, что первыми шуйскими храмами на посаде были Козмодемьянская, Никольская и Борисоглебская церкви, позднее ставшие приделами или зимними).
По названию Борисоглебской церкви на посаде именовалась значительная территория по левому берегу Тезы - Борисоглебская слобода. Возможно, Шуя младше Борисоглебской слободы и возникла на ее территрии. Крестовоздвиженская церковь на рубеже XIX - XX вв одна из крупнейших городских церквей, комплекс сооружений которой играл существенную роль в городском ландшафте.
На территории храмового комплекса существовал небольшой женский монастырь, именовавшийся поочередно Борисоглебским и Воздвиженским и прекративший свое существование в конце 17в.
Существующее каменное здание построено в 1693 г. (одно из наиболее древних сооружений в Шуе). Значительные перестройки произошли в первой половине 19 в. на средства успешных шуйских фабрикантов Посылиных и Киселевых.
Крестовоздвиженская церковь в Шуе по своему наружному и внутреннему благолепию, значительному количеству церковных ценностей, произведений искусства, древностей входила в число лучших во всей Владимирской губернии.
После закрытия в 30-е годы комплекс значительно пострадал – снесена колокольня, часовня, главы, ограда, выполнена внутренняя перепланировка, пристроены производственные корпуса. Сейчас в комплексе зданий размещается фабрика.
В архитектурном отношении церковь интересна сочетанием русской архитектуры 17 в. с элементами классицизма, появившимися после перестроек.