Тогда же был выстроен первый деревянный храм. Монастырь был основан Мартирием, который при новгородском князе Ярославе Владимировиче выстроил в 1192 году несколько келлий и деревянную церковь во имя Преображения Господня; в день Успения архиепископа новгородского. Григорий освятил ее и назвал монастырем, поставив игуменом его основателя Мартирия (в 1193 года избранного архиепископом Новгородским, скончавшегося 24 августа 1199 года и погребенного в Новгороде, в притворе Софийского собора).
Во время литовских и шведских набегов монастырь весьма часто подвергался разорению, но после каждый раз снова возобновлялся.
В 1198 году он сгорает и на его месте, всего за 70 дней, сооружается новый, уже каменный, Спасский собор. Впоследствии храм дважды подвергался перестройке (в XV и XVII веках), в 1630 году к северной его стене была пристроена колокольня, примерно в то же время появляется небольшой храм Рождества Христова, объединенный с упомянутыми зданиями особой пристройкой.
Преображенский соборный храм построен в 1442 году; в нем иконостас — пятиярусный, византийского стиля. В монастыре находятся части святых мощей 50 угодников, перенесенные из Новгородского Софийского собора в 1805 году, и празднуемая 4 мая чудотворная Старорусская икона Божией Матери.
Эта святая икона имеет в длину 3 аршина 14 вершков, в ширину 2 аршина 14 вершков; на ней богатая риза с драгоценными украшениями; стоимость иконы простирается до 12000 рублей; изображение на ней Богоматери с сидящим на Ее левой руке Богомладенца — весьма величественного вида. По преданию, эта святая икона пребывает в Старой Руcсе с X века, будучи сюда принесена греками из Ольвиополя ( Херсонской губернии).
В 1570 году, по случаю морового поветрия, она была принесена в город Тихвин и находилась в Тихвинском Богородицком монастыре до 1888 года, когда с разрешения Святого Синода, вследствие ходатайства граждан о возвращении им святыни, была торжественно перенесена в Старую Руcсу. В честь ее в 1892 году освящен вновь сооруженный обширный храм.
При монастыре духовное училище. К монастырю приписан Кречевский Николаевский монастырь, в 3 верстах от города Старой Руcсы.