В его долгой истории немало славных страниц. С середины XVII в. монастырь был приписан к Ростовскому архиерейскому дому. Во второй половине XVIII в. — получил титул ставропигии и поступил в прямое подчинение Святейшего Синода. С последней четверти XIX в. обитель служила резиденцией викарных архиереев.
Подлинный расцвет Спасо-Яковлевского монастыря, начавшийся с середины XVIII в., был связан с причислением к лику святых ростовского митрополита Димитрия Ростовского, избравшего местом своего упокоения монастырский собор. Ростовский владыка явился первым святым, канонизированным к общерусскому почитанию в XVIII столетии. У гроба святителя происходило множество чудотворных исцелений. Яковлевский монастырь стал центром паломничества для многих страждущих, стремившихся прикоснуться к обретенному источнику Божественной благодати.
В 1991 г. Спасо-Яковлевский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. В настоящее время его возглавляет Высокопреосвященнейший Кирилл архиепископ Ярославский и Ростовский — священноархимандрит монастыря, наместник обители игумен Серафим, монастырский духовник архимандрит Сильвестр.
С 2003 года на территории монастыря размещено Духовное училище, в котором обретают знания и воспитываются будущие пастыри Русской Православной Церкви.
Рядом с Яковлевским монастырем возвышается пятиглавый храм Спаса на песках, в прошлом соборный храм существовавшего здесь Спасо-Песоцкого (Княгинина) монастыря, основанного еще в XIII веке женой ростовского князя Василько - княгиней Марией - единственнной известной в русской истории женщиной-летописцем.
Монастырь упразднен в XVIII веке, а храмы переданы соседнему Яковлевскому монастырю, после чего тот стал именоваться Спасо-Яковлевским.
Случайно сохранился лишь главный храм монастыря, сооружения которого одни знатоки относят к XVI веку, другие к XVII. С тех пор он переделывался не один раз. Но и в том виде, в каком он дожил до нас, он представляет архитектурную и художественную ценность и вызывает интерес.