В его долгой истории немало славных страниц. С середины XVII в. монастырь был приписан к Ростовскому архиерейскому дому. Во второй половине XVIII в. — получил титул ставропигии и поступил в прямое подчинение Святейшего Синода. С последней четверти XIX в. обитель служила резиденцией викарных архиереев.
Подлинный расцвет Спасо-Яковлевского монастыря, начавшийся с середины XVIII в., был связан с причислением к лику святых ростовского митрополита Димитрия Ростовского, избравшего местом своего упокоения монастырский собор. Ростовский владыка явился первым святым, канонизированным к общерусскому почитанию в XVIII столетии. У гроба святителя происходило множество чудотворных исцелений. Яковлевский монастырь стал центром паломничества для многих страждущих, стремившихся прикоснуться к обретенному источнику Божественной благодати.
В 1991 г. Спасо-Яковлевский монастырь был возвращен Русской Православной Церкви. В настоящее время его возглавляет Высокопреосвященнейший Кирилл архиепископ Ярославский и Ростовский — священноархимандрит монастыря, наместник обители игумен Серафим, монастырский духовник архимандрит Сильвестр.
С 2003 года на территории монастыря размещено Духовное училище, в котором обретают знания и воспитываются будущие пастыри Русской Православной Церкви.