Он был основан в XIII веке. Название горы — Снятная — происходит от слова «снеть». Снеток — маленькая рыбка, которой так славился Псков. Снятная гора необычайно живописна. Лучшего места для размещения монастыря и придумать нельзя.
В 1299 г. на монастырь напали немецкие рыцари и разграбили его. В огне погибли 17 иноков и основатель монастыря — игумен Иосаф. Псковский князь Довмонт-Тимофей с дружиной разгромил рыцарей и повелел поставить в монастыре новый храм — каменный. Но это был последний год жизни прославленного князя. Строительство храма затянулось. В 1310 -1311 гг. был завершен, а в 1313 г. расписан фресками каменный собор Рождества Богородицы.
Снетогорский монастырь стал традиционным местом пострижения псковских князей — принятия схимы перед смертью. Особо памятным для монастыря было посещение обители невестой Ивана III византийской царевной Софьей Фоминичной Палеолог в 1472 г. по пути в Москву.
Побывали под стенами монастыря и войска шведского короля Густава-Адольфа. В 1614 г. здесь стоял шведский лагерь.
Важным строительным этапом в истории монастыря стало возведение каменных храмов и гражданских зданий в первой четверти XVI века. Обновление монастыря связано с переходом Пскова под управление великого московского князя.
Рождественский собор знаменит своими фресками. Во времена нашествия на Псков Стефана Батория (1581-1582 гг.) собор горел, верхняя часть барабана разрушилась. Сильно пострадали и фрески.
Фрески в центральной части здания были прикрыты новым иконостасом, а в открытых местах забелены. В 1909 г. началась расчистка снетогорских фресок, она продолжается и по сей день.
На XVII век приходится расцвет монастыря. Жизнь в Пскове способствовала бурному развитию торговли, росту богатства. Монастырю тогда принадлежало около 370 крестьянских дворов. Но пришла Северная война, монастырь опять горел, в огне погиб архив, содержащий документы о времени основания монастыря.
В 1760-х гг. в России происходит секуляризация монастырских и церковных владений. Снетогорский монастырь постепенно пустеет, а в 1804 г. он и вовсе упразднен. Штат его был приписан Спасо-Елизаровскому монастырю. В 1805 г. Снетогорский монастырь был отдан правительством под загородный архиерейский дом.
После революции в 1919 г. бывший Снетогорский монастырь был включен в охранные списки памятников архитектуры, что не помешало древним постройкам медленно разрушаться. До войны там был дом отдыха. Во время войны древние стены были осквернены присутствием гестапо.
В настоящее время ансамбль Снетогорского монастыря составляют: собор Рождества Богородицы (1310-1311 годы), трапезная церковь Святителя Николая Чудотворца (1519 год), Архиерейский дом (1805 год), руины колокольни с церковью Вознесения Господня (первая половина XVI века), Святые ворота и ограда монастыря (XVII- середина XIX века). Периметр монастырской ограды – 420 метров. Главные монастырские постройки принадлежат к псковской архитектурной школе времени ее расцвета. Справа от дороги, ведущей к монастырю, сохранилась часовня (XVII век).
Сейчас Снетогорский монастырь возрожден. На его территории находится женский монастырь. В монастыре проживает более 60 сестер.
Все ведущие направления деятельности распределены по послушаниям, за которые отвечают сестры. Послушания разные: клирос, просфорная, пекарня, огородницы, швеи, историки, трапезницы, птичницы и пр.