Название идет от Нового торга, который с 1510 года располагался в этой части Пскова.
В 1590 году храм сгорел и восстановлен в камне. Двухъярусная колокольня имеет шатровое покрытие, в 1964 году была отреставрирована. Церковь имела южный придел, который был утрачен в 1957 году в связи с выпрямлением улицы К.Маркса. 11 мая 1676 года церковь вновь уничтожил пожар, была отстроена. Главный объем храма обычной кубической формы.
В церкви находится фреска Знамения Божьей Матери, созданная известным современным псковским мастером отцом Зиноном. Эта фреска - подарок возрожденной церкви.
Поздний характер архитектуры храма сказывается в возведении колокольни типа «восьмерик на четверике» над главным входом по основной оси храма — вместо традиционной псковской звонницы на одной из стен.
Храм входит в комплекс Псковского епархиального училища. В настоящее время церковь действующая.