Храм построен из известняковой плиты. Архитектурный ансамбль храма принадлежит к лучшим образцам древнерусской архитектуры.
Церковь великолепно поставлена на высоком берегу Псковы, над Бродами. На противоположной стороне в старину было еще две Богоявленских церкви, образующих своеобразный «святой треугольник» в месте традиционного крещенского водосвятия.
Храм имеет два придела (во имя Трех святителей и Усекновения главы Иоанна Крестителя), крыльцо, притворы, внушительную звонницу. Апсиды и барабан украшены традиционным псковским орнаментом.
По общим размерам храм сравнивали с Благовещенским собором Кремля.
В ходе реставрационных работ были обнаружены фрагменты фресковой росписи. Храм реставрировался за счет средств, выделенных президентом России. Церковь дополнялась и перестраивалась в конце XVII – XIX веках.