Основанный в середине XII века новгородским архиепископом св. Нифонтом, монастырь был носителем духовного просвещения, хранителем традиций церковного искусства и книжности.
В средние века здесь находилась богатая библиотека, работали переписчики духовной литературы, велась Псковская летопись, существовала иконописная мастерская. Здесь была переписана и сохранена для потомков эпическая повесть "Слово о полку Игореве".
Монастырь пережил многие войны и нападения. Находясь за пределами крепостных стен Пскова, он первым принимал на себя удары врагов. В 1299 году войска Ливонского Ордена напали на псковский посад, сожгли Мирожский и Снетогорский монастыри.
Тогда был убит игумен Мирожского монастыря - преподобный Василий Мирожский. Вместе с Иоасафом Cнетогорским, также стяжавшим мученический венец от рук немцев, он является местночтимым святым.
Спасо-Мирожский монастырь с XVI века был одним из богатейших среди других обителей Пскова. Он владел землями и крестьянами, вел торговлю хлебом, сеном, льном, рыбой.
Городская территория монастыря занимала всю пойму реки Мирожи, где стояли мукомольные мельницы, берег Великой с банями, кузницами, хозяйственными дворами.
В конце XVIII в. территория монастыря сократилась до существующей ныне ограды. В XX веке монастырь был закрыт. Знаменитый собор Спаса Преображения открылся после вековой реставрации фресок в конце столетия и ныне хранится музейно.
Подобно белоснежному кораблю веры, Мирожская обитель формирует парадный фасад Завеличья, обращенный к городу.
Архитектура собора являет византийский прототип и не имеет прямых аналогов: мощный крестовокупольный храм с одной главой на обширном световом барабане «выглядит как вписанное в квадрат плана крестообразное здание с низкими угловыми частями. В архитектуре заметны московские черты. Фасады декорированы белеными кирпичными карнизами, орнаментальными поясами, лопатками.
В монастыре также хранятся древние иконы: святого Александра Свирского, святителя Николая и святого Нифонта, а также и чаша святого Нифонта, вырезанная из дерева.