Еще во времена Дмитрия Донского здесь, по преданию, его супруга построила на свои средства деревянную церковь Знамения Пресвятой Богородицы. В XVII веке церковь сгорела (не исключено, что горела она и раньше). В XVIII веке здесь снова значится церковь - Знаменская, «что при кораблях». Такое название она получила из-за того, что рядом, на Трубеже, располагалась «потешная флотилия» Петра I.
При Знаменской церкви в 1863 году местным отцом диаконом Воскресенским была открыта первая в Переславле церковно-приходская школа. Ее основатель учительствовал здесь более сорока лет. Со временем школу сделали женской, а позднее, когда в Никольском монастыре открылась новая большая школа, здесь осталась только «школа грамоты».
В 1930-х годах храм был снесен, а на его фундаменте - как будто нарочно! - выстроен винный магазин. Так и просуществовал на месте храма винный магазин, известный на весь город, и вместо верующих на Трубежной улице собирались очереди пьяниц. Так продолжалось много лет, пока в 1998 году его последний владелец Александр Громыко не решил его снести и возобновить на этом месте храм.