Вместо деревянной церкви в 1855 году на средства прихожан устроен каменный храм с двумя престолами: во имя Живоначальной Троицы и в честь преподобного Никиты Столпника.
В 1913 году, во время празднования 300-летия Дома Романовых, в Переславль-Залесский приезжал Государь Император Николаем Александровичем с Августейшим Семейством. Государь посетил Троицкую церковь.
В 1937 году арестовали священников, монахов и мирян, которые прислуживали в церкви. Их собрали сначала в милиции, а потом этапировали тайно, по бездорожью, обходя деревни и сёла на Ярославль.
Вплоть до самой войны она не закрывалась, и в ней шли службы. После того, как всё молодое мужское население Троицкой слободки было отправлено на военные сборы, сельсовет выступил инициатором закрытия храма.
В этом же году сбрасывали и колокола, а когда сбрасывали, многие стояли на коленях, плакали, крестились, молились. Старожилы вспоминают, что иконы вывозили куда-то на подводах, что чуть ли не рубили их топором в самой церкви, что Распятие лежало поверженным в пыли и хаосе…
В 1942—1943 годах храм был открыт на короткое время (около года), а потом снова закрыт. В послевоенные годы храм 59 лет был в поругании, без крестов. Здесь побывали мукомольный завод, авторемонтные мастерские, производство сетки-рабицы. Для проезда тракторов и машин в южной стене Никитского придела сделали широкий пролом.
И только в 1999 году сюда вернулись священники.