В 1384 году деревянная церковь пострадала во время пожара. Новгородская летопись указывает 1406 год - время постройки каменной церкви. Автор и строитель неизвестны. Заказчики церкви - богатые кожевники.
Кроме основного каменного храма, который носил название холодного, была построена "теплая" деревянная церковь Стефана Сурожского, сожженная шведами в 1615 году.
Церковь Петра и Павла - зрелый, художественно законченный памятник новгородского зодчества начала XV века. Единственная полностью реставрированная постройка в Новгороде с возвращением первоначальных форм и фактуры стен.