Чтобы представить, как выглядел храм в 14 веке, попробуйте мысленно убрать колокольню и трапезную, которые появились лишь в 17 веке.
Это кубического типа четырехстолпная постройка, имеющая одну главку. По своим пропорциям, архитектурному решению представляет собой высокохудожественное произведение. По-новому решена здесь пластика фасадов, имеющих трехлопастное завершение, т.е. три арки, соединенные друг с другом, средняя из которых возвышается над боковыми.
Столбы внутри приближены к стенам, что привело к расширению подкупольного пространства. На полати ведет лестница не в толще стены, а внутри здания, в северо-западной части церкви. В стенах имеются несколько потайных камер для хранения ценностей.
Вероятно, в церкви учили грамоте будущих дьячков. Поскольку церковь возводилась на частные средства, у южного фасада была устроена фамильная усыпальница, а на хорах - придел Симеона Столпника, небесного покровителя посадника-мецената.
Реставрирована в 1959 году. Уже продолжительное время в храме располагается музей.
Церковь Фёдора Стратилата долгое время служила образцом при строительстве других храмов не только в Новгороде, но и в других княжествах русской земли.