По преданию, название происходит от слова «худой, хутынь», то есть худое место, где водится нечистая сила.
Святого Варлаама, основателя монастыря, в миру звали Алекса Михалевич. Он принадлежал к именитой боярской фамилии Новгорода. Уединяясь для молитвы в лесу Варлаам увидел луч света, льющийся из чащи. На этом месте он и срубил келью. Позже к нему присоединились еще несколько монахов, с которыми он и построил деревянную церковь Спаса на Хутыни в 1192 году и основал новую обитель.
Мощи святого Варлаама (преставился в 1192 году) считаются нетленными. В 1462 году в Хутынский монастырь приехал Иван Грозный дабы поклониться святым мощам и стал выпытывать у игумена, почему не вскрывают раки, чтобы все могли прикладываться к святым мощам. Когда по его повелению стали раскапывать могилу преподобного Варлаама, из земли вырвался огненный столб, опалившие стену и южную дверь иконостаса. Иван Грозный в ужасе побежал из церкви, ударяя жезлом в землю, причем из земли выходил огонь не только в церкви, но и в монастыре. Бросив жезл, царь в большом страхе покинул монастырь. Посох этот с набалдашником из разноцветного хрусталя и опаленная дверь алтаря также хранились в монастырской ризнице.
Варлаам Хутынский почитается на севере Руси так же сильно, как Сергий Радонежский в Москве. Хутынский монастырь пользовался особым покровительством московских великих князей. Огромный собор Преображения, построенный в 1515 году, увенчанный пятью куполами, поставлен «повелением великого государя и великого князя Василия Ивановича».
В одном из приделов собора в 1816 году, согласно завещанию был похоронен Гавриил Романович Державин. Интерес представляет западная паперть собора, украшенная пышным крыльцом на четырех столбах с шатровым верхом. Облик церкви Спаса-Преображения частично заимствован у известного московского храма Успения.
К северу от Преображенского собора расположена трапезная церковь Варлаама, построенная в 1552 году, к которой с западной стороны примыкает двухстолпная палата – трапезная.
От главных монастырских ворот грунтовая дорожка ведет к святому колодцу. Обойдя Преображенский собор и выйдя за ограду, можно увидеть небольшую часовню на холме, землю для которой наносил сам Варлаам Хутынский. Считается, что если походить по нему босиком, можно излечиться от многих болезней.
В первую пятницу Петрова поста совершается из Софийского Новгородского собора в монастырь крестный ход, который ведет свое начало со времен самого Варлаама. При монастыре школа.
В 1991 году по решению 3-го губернского сьезда советов монастырь был закрыт. До начала Великой Отечественной войны на территории размещалась лечебница для тихо помешанных больных.