Многочисленные пожары неоднократно наносили урон как внутреннему, так и внешнему убранству церкви. 7 июня 1340 г. случился "велик и лют пожар с бурею и вихрем" "потом же пожару и церковь та падеся" . Пять лет церковь пребывала в руинах.
И в дальнейшем храм много раз страдал от пожаров. В 1524 г. в поновлении храма принимал участие Дмитрий Иванович Сырков, видный организатор строительных работ того времени в Новгороде.
К кон. XIX - нач. XX вв. храм дошел со следами многочисленных перестроек, до неузнаваемости исказивших его первоначальный облик.
Необычайность архитектурного решения Пятницкой церкви состоит в заметно вытянутом по оси запад-восток плане храма, благодаря трем притворам церковь имеет не встречавшуюся ранее в новгородском зодчестве, крестообразную форму.
Не по-новгородски решена алтарная часть: за линией восточной стены далеко выступает лишь центральная апсида, боковые полуциркульные полукружия "утоплены" в толще стены и снаружи не выявлены.
На фасадах останавливают внимание сложнопрофилированные пучковые пилястры - явление невиданное в Новгороде до постройки Пятницкого храма.
Башнеобразный тип храма, вариацией которого была Пятницкая церковь, появился в новгородском зодчестве впервые. Его возникновение и развитие связано с архитектурой других древнерусских школ домонгольского времени.
Трехлопастная форма в завершении стен прочно вошла в художественную систему новгородского храма XIV-XV вв., сделавшись одним из его главных опознавательных знаков.