Тогда это была территория, находящаяся далеко за городской окраиной Великого Новгорода, где никто постоянно не проживал. А современный посёлок Деревяницы, находящийся в непосредственной близости от монастыря, образовался в XIV веке как монастырская слобода.
Во время Смуты колокола монастыря были вывезены в Швецию. В 1695 году, на месте обветшавшей старой, строится новая церковь.
В 1700 году по указанию митрополита Иова в монастыре возводят пятиглавый Воскресенский собор.
Собор имеет двухстолпную конструкцию. Все сложные сводчатые конструкции собора поддерживаются изнутри двумя столбами. Такая архитектурная особенность была нетипичной для новгородского зодчества, однако весьма распространённой в XVI—XVII вв. в Подмосковье, Поволжье и Вологодских краях. Позднее к собору пристраиваются приделы.
В 1725 году севернее собора строится каменная церковь Успения Богородицы с большой трапезной палатой и колокольня. В 1875 году появляется каменное трёхэтажное здание женского епархиального училища.
А вот время строительства колокольни, чудом уцелевшей в годы гонений на православие, точно неизвестно. Скорее всего, по мнению историков, сооружена она была между 1730 и 1735 годами. Но бурный этап развития Деревяницкого монастыря очень скоро закончился.
До 1875 года монастырь был мужским, но затем он стал женским.
После революции Деревяницкий монастырь был закрыт, а его корпуса использовались как склады и для размещения наркологического диспансера.
В годы Великой Отечественной войны комплекс Деревяницкого монастыря пострадал не так сильно, как многие другие. Однако на сегодняшний день результаты реставрационных работ 1965 года уже почти незаметны: купола обветшали и зияют дырами, штукатурка со стен во многих места сошла, а стёкла почти все разбиты.
Сюда не привозят туристов, здесь не проводят экскурсии, но как и в былые годы Деревяницкий монастырь возвышается на берегу Волхова замечательным памятником былой красоты Великого Новгорода.