В 1616 г. поляки Лисовского убили здесь священника Иоанна. В 1764 г. монастырь был упразднен, его церкви стали кладбищенскими.
В 1929 г. кладбище уничтожили, а в 1950 г. и вовсе устроили над могилами футбольное поле.
В советские годы ансамбль Воскресенского монастыря разделил печальную участь многих муромских храмов. Церкви были закрыты, наиболее ценные предметы вывезли в музей, а здания стали использовать под складские помещения. В 1970-80-е гг. в Воскресенской церкви располагалась спортивная секция.
В 1990-е гг. храмы вернули Владимиро-Суздальской епархии, и в них вновь возродилась иноческая жизнь.
Возобновлен монастырь в 1998 г. Ниже монастыря находится святой источник Петра и Февронии.