Церковь тёплая, двухэтажная, одноглавая, прямоугольная в плане с восьмигранным столбом трапезной, смещенным с оси в северном направлении.
Из-за перестроек церковь потеряла первоначальный вид, утратила некоторые архитектурные детали, но она и сейчас вместе со Спасо-Преображенским собором и Настоятельским корпусом играет важную роль в ансамбле Спасского монастыря.
Покровская церковь необычна ещё и тем, что она одновременно являлась одним из основных хозяйственных корпусов монастыря.
По описи капитана Фёдора Сенявина, проведённой в 1673 году, известно, что «церковь каменная и тёплая Покрова Пресвятой Богородицы, в ней один престол, под одною церковью хлебня, поварня и кладовых три палатки». Своей интимностью и простотой Покровская церковь подчёркивает монументальность и строгость стоящего рядом собора.