К середине XVII века при церкви был устроен женский монастырь. В 1764 г. монастыри во Мстере были упразднены по указу Екатерины II. Церковь свт. Иоанна Милостивого стала приходской.
Приход состоял из жителей Богоявленской слободы Мегеры. В конце XVIII века ансамбль бывшего женского монастыря состоял из деревянных церквей во имя свт. Иоанна Милостивого с приделами Казанской Божьей Матери и Филиппа Митрополита, шатровой колокольни с главным входом, каменной ограды, и небольшой часовни рядом с Владимирской церковью.
В 1809 г. деревянная церковь свт. Иоанна Милостивого была разобрана и на ее месте построен однопрестольный каменный храм с 1 главой на невысоком барабане.
В 1860-е годы на средства Вязниковского купца и промышленника, почетного гражданина, уроженца Мстеры О.О. Сенькова в храме был сделан чугунный пол и настенная роспись. Расписывала храм бригада мастеров из Палеха под руководством В.А. Салабанова.
В 1867 г. вместо шатровой колокольни построили новую по проекту епархиального архитектора Н.А. Артлебена. Деньги на постройку колокольни пожертвовал Осип Осипович Сеньков.
В начале 1930-х годов храм был приспособлен под клуб имени Первого мая (позднее он становится клубом клееночной фабрики им. Дзержинского).
Стенная роспись закрашивается, устраивается сцена, колокольня и ограда разобраны, часовня превращена в лавку по продаже керосина. В конце 1950-х годов разобрали часовню.
Кирпич от разборки сооружений использовался для строительства с северной стороны здания фойе и с западной стороны для устройства кинобудки и касс. После таких перестроек церковь теряет свой первозданный вид и становится некрасивой.
В 2005 году начато восстановление храма.
К весне 2009 закончено завершение храма, установлен новый крест. Ярусами ниже леса не разобраны, предстоит дальнейший ремонт фасадов.
На территории обители построена деревянная колоколенка. Видна работа по благоустройству ладшафта.
В церкви в советское время находился поселковый клуб.
У обители есть свой сайт