В выписке из писцовых книг этих годов упоминается о вотчине князей Ромодановских, на территории которой и располагался монастырь.
В XIX веке монастырь становится духовным и культурным центром для жителей посёлка.
1864 год - было создано Богоявленское православное братство.
1870 год - вышел в свет иллюстрированный альбом "Древности Богоявленской церкви в слободе Мстёре", демонстрирующий внешний и внутренний вид храма, церковную утварь.
В 1887 году - строительство часовни.
В начале 1930 г. после закрытия монастыря образовался музей живописи, церковной и фольклорной старины, а часовня была превращена в лавку, где продавали керосин.
Лишь в 1945 году по просьбе мирян было возобновлено богослужение в тёплой церкви.
Краеведческий музей, расположенный в главном храме, просуществовал до 1954 года, а после его закрытия ценные экспонаты были вывезены и пополнили фонды Владимиро-Суздальского музея-заповедника.
С 1959 года в течении 40 лет Мстёрское сельпо использовало Богоявленский храм под склад для хранения муки.
24 сентября 1999 г. по благословению Высокопреосвященнейшего Евлогия Архиепископа Владимирского и Суздальского Свято - Богоявленский мужской монастырь был снова открыт.