На ее месте в 1114 г. новгородский князь Мстислав Великий и посадник Павел заложили новую крепость, со стенами восьмиметровой высоты и двухметровой толщины. Эта крепость в 1164 г. устояла при нападении шведов сюда они приплыли на 55 судах. Местные жители сожгли свои дома и укрылись за стеной.
Интересен тот факт, что стена не только была возведена над обрывом к реке, но и сам обрыв был облицован камнем! Поэтому снизу, от реки, стены казались огромной высоты. После неудачи при штурме, шведы отправились обратно в Ладогу.
Вторая попытка взятия Старой Ладоги была предпринята в 1313 году. Шведы, очевидно чуждые предрассудкам по поводу числа 13, захватили крепость и сожгли деревянные постройки, однако взять крепость под свою юрисдикцию не смогли. В 1338 году Старая Ладога осталась неприступной для очередной шведской атаки.
Была перестроена в XVI в. в связи с распространением огнестрельного оружия. Крепость имела пятиугольную форму, мощные стены, многоярусные башни толщиной до 7 метров. Узкие бойницы раструбами расширялись наружу. Стены крепости складывали из известняка, который добывали неподалеку, а внутрь засыпали валуны. Все это облицовывалось тесаным камнем.
В крепость вел единственный вход - через четырехугольную Воротную башню. Жестокие защитники крепости придумали военную хитрость: чтобы попасть в крепость, нужно было двигаться вдоль стены до ворот, которые к тому же были закрыты решеткой. Далее, попав в башню, нужно было повернуться на 90 градусов. Другими словами, противник должен был быть многократно убитым, пока шел вдоль стены, и разворачивался внутри башни.
Другие башни также имели специальное назначение. Например, Тайничная - прикрывала тайный ход к реке, что давало возможность осажденным набирать воду. В смутные времена, в 1610 и 1611 годах, крепость дважды захватывали шведы, а в 1701 году Старая Ладога выдержала последний в ее истории штурм. После завершения Северной войны она утратила свое военное значение.
До наших дней сохранились Климентовская и Воротная башни, а также прясло между ними (восстановлены в ХХ в. на древней основе); Раскатная, Стрелочная, Тайничная башни, северо-западное и восточное прясла дошли до нас в виде руин.