Основанный в начале XIV столетия в честь Пресвятой Троицы и во имя святителя Ипатия епископа Гангрского, монастырь по праву считается одним из древнейших в нашем Отечестве.
В XVII веке в Ипатьевском монастыре было положено начало прекращения Великой Смуты, грозившей уничтожением российской государственности. В 1613 году монастырь укрыл в своих стенах юного Михаила Романова. В святой Ипатьевской обители начиналось славное трехсотлетнее царствование Дома Романовых. С этого момента за монастырем закрепилось название - "колыбель" Дома Романовых.
Расположен монастырь в одном из самых живописных уголков Костромы. Место, где река Кострома впадает в Волгу, костромичи издревле называли "стрелкой", а с появлением здесь монастыря оно получило название "Ипатьевский (Ипацкий) мыс". В древности на Ипатьевском мысу росли дубравы, в изобилии водилась дичь. Красота ландшафта и пологие берега, столь удобные для остановки судов, влекли корабельщиков и плотоводцев к отдыху.
В XVI столетии благодаря Годуновым было начато строительство монастыря в камне. Деревянные крепостные стены заменили на каменные с шестью башнями. Деревянный Троицкий собор был заменен каменным, с приделами во имя апостола Филиппа и священномученика Ипатия Гангрского. В 1564 году завершилось строительство зимней церкви Рождества Пресвятой Богородицы с приделом святителя Иоанна Златоуста.
Над святыми вратами в 1595-1597 годах возводится храм, посвященный священномученикам Феодору Стратилату и Ирине - небесным покровителям царя Феодора Иоанновича и его супруги царицы Ирины Федоровны (родной сестры Бориса Годунова). Возводятся каменные звонница, кельи монастырского эконома и настоятельские кельи.