В начале XII в. именно в этом месте случилась встреча двух братьев - князей Бориса и Глеба, ехавших по зову отца, князя Владимира Красное Солнышко. Впоследствии оба они были убиты третьим братом - Святополком Окаянным и причислены к святым. С ними и связано название церкви Бориса и Глеба - одной из первых на Руси построенной из белого камня.
Борисоглебская церковь была центром княжеского двора, окруженного земляной насыпью. Юрий Долгорукий построил свою резиденцию вдали от столичного города, но на важном месте речного пути. Рядом река Нерль, по ней можно добраться до Клязьмы, Оки, Волги.
Пробыл здесь Юрий Долгорукий недолго: в 1155 г. отправился он на Киевское княжение, где вскоре и умер. Наследники княжеского рода, занятые кровавыми междуусобицами, уже больше никогда не возвратятся в Кидекшу, и это место станет далеким и заброшенным.
В Кидекше не сохранилось от XII века никаких дворцовых строений, кроме самой церкви. С XIV века здесь небольшой мужской монастырь, который зачахнет, с XVIII века здания будут за сельским приходом.
Зданиям Кидекши не очень везло на опытных строителей. В средние века у старой церкви рухнул верх. В 17 веке он был перестроен и сделана самая простая крыша с крошечной главкой посередине. Рядом с церковью выстроена колокольня, которая из-за ошибки строителей сильно наклонилась, так что выправить ее очень сложно, даже имея в распоряжении самые современные технологии и материалы, не говоря о денежных средствах.
Сегодня в сооружениях бывшего княжьего двора расположено отделение Владимиро-суздальского музея заповедника и действующий приход Епархии.