При нем в пустыне была поставлена деревянная Успенская церковь. Тогда обитель называлась Новая пустынь, березовского борку, Успения Пресвятые Богородицы".
С 1724 г. в официальных документах она именуется Успенской Золотниковской пустынью, по протекающей рядом речке Золотоструйке.
В При игумене Никоне на месте деревянной церкви выстроена Успенская же каменная, освященная в 1651 г. Вслед за ней сооружены две других каменных церкви комплекса: надвратная, Всех святых (1656 г.) и трапезная с теплой церковью Казанской Богоматери (1657 г.).
Пустынь часто посещал митрополит Суздальский Илларион и принимал в ней царицу Прасковью Федоровну. В пустынь делались вклады царем Петром I и царевной Софьей. Очевидно, на эти пожертвования, все каменные здания монастыря в конце ХVII в. были перестроены вновь, о чем красноречиво свидетельствует архитектура существующих Успенской и Казанской церквей.
В1725 г. по синодальному распоряжению она приписывается к Спаса-Евфимьевскому суздальскому монастырю, но по прошению игумена с братиею осталась самостоятельной.
В 1806 г. возводится Настоятельский корпус, в 1810-20 гг. территория пустыни обносится кирпичной оградой, выстроенной на средства помещика села Якимова Суздальского уезда Алексей Сергеевича Шереметьева. Во второй половине XIX в. строятся несохранившиеся ныне каменные кельи в линии ограды, а по сторонам надвратной церкви - примыкающие к ней здания народного училища и гостиницы для приезжающих.
После закрытия прихода в Золотниковской пустыни в 1931 г. ансамбль подвергся варварским разрушениям. Были полностью снесены надвратная Всехсвятская церковь, кирпичная ограда и корпус келий.
Казанская церковь, где в 1930-1950 гг. располагался склад колхоза им.Кирова, доведена до руинированного состояния и на сегодняшний день от нее практически ничего не сохранилось.
Успенская церковь, находившаяся в эти же годы в ведении шпало-заготовительной конторы Ярославской железной дороги, также подверглась серьезным разрушениям.
Лишь Настоятельский корпус, превращенный после закрытия в начальную школу, не пострадал и в целом сохранил свой первоначальный облик. Как памятник культовой архитектуры ансамбль Золотниковской пустыни выявлен и поставлен на гос.учет в 1947 г., а в 1960 г. Успенская церковь была поставлена на гос. охрану республиканского значения.
В настоящее время Золотниковская пустынь находится в крайне плачевном состоянии, фактически на грани исчезновения. Сохранились руины 3-х главного Успенского собора (1651), огромной двухэтажной Казанской церкви с трапезной (1657), настоятельский корпус (1806).
В пустыни принял пострижение святой Митрофан Воронежский.