Храм тяжело пострадал в советский период, в это непростое время храм функционировал как молокозавод, а к концу периода как склад.
Закрыли храм в
г. и использовали в качестве складов.
В 1989 г. ударом молнии разрушен шатер колокольни. Это произошло в день памяти Святителя Николая, в честь которого был освящен собор. И именно в этот день был подписан отказ местных властей о возвращении храма Церкви. А на следующий день при загадочных обстоятельствах колокольня обрушилась. Некоторые полагали, что вызванные саперы взорвали колокольню, но доказательств прямых тому не было. В таком состоянии его и передали общине. В том же 1989 г. в Приволжске был проведен первый за советский период власти, крестный ход по центральным улицам города.
В 1993 г. при храме была создана Воскресенско-Николаевская монашеская община, объединившая Никольский храм Приволжска и Воскресенский храм села Толпыгино. В 1997 г. при Никольском храме открыли приют для девочек-сирот и православную школу. На следующий год монашеская община была реорганизована. В Приволжске учрежден Никольский женский монастырь, а Воскресенский храм стал подворьем Успенского мужского монастыря в Иванове.