Сам Сергий Радонежский благословил в 1363 году на создание монастыря новгородских монахов Фёдора и Павла. Все строения в монастыре были деревянными. Таковым он просуществовал 159 лет.
Борисоглебский монастырь был любим московскими князьями и первыми русскими царями, считавшими его своим "домашним". Во время междоусобной войны середины XV в. в стенах Борисоглебской обители находил приют великий князь Василий II Тёмный. В 1440 году Борисоглебский игумен Питирим крестил в стенах монастыря первого русского царя Ивана III, сына Василия Тёмного. Как и отец, Иван III всю жизнь жаловал "домашний" монастырь деньгами и вотчинами. При сыне Ивана III, Василии III, в 1522 году в Борисоглебском монастыре начинается каменное строительство.
Трижды посещал Борисоглебскую обитель Иван IV Грозный, причём первый раз ещё юношей в 1545 году. Иван Грозный сделал более 20 вкладов в Борисоглебский монастырь: книги, огромные денежные вклады и колокол весом в 138 пудов. Вклады в Борисоглебский монастырь делали также цари Борис Годунов, Алексей Михайлович, князья Сабуровы, Пивовы, Бельские, Шуйские, Пронские, Орловы, Сумароковы и другие.
Официально Борисоглебский монастырь был упразднён в 1924 году. Часть зданий была передана Ростовскому государственному музею, часть оставалась у верующих. К концу 1929 г. на территории монастыря действующих храмов уже не было. В 1989 г. богослужения в соборе Бориса и Глеба возобновились, а в декабре 1994 г. возрождён Борисоглебский мужской монастырь.
С 1924 г. по настоящее время на территории Борисоглебского монастыря существует музей-филиал Государственного музея-заповедника "Ростовский кремль".
