В XII веке Клязьма протекала несколько севернее, и церковь находилась практически на речной «стрелке», оформляя перекресток важнейших водных торговых путей.
Покров на Нерли – четырехстолпный, трехапсидный, одноглавый храм, построенный из белого камня высочайшего качества (кладка весьма однородна, в ней практически отсутствует желтоватый оттенок, пористость блоков очень низка, – словом, такого качества кладки нет ни в одном из древнерусских белокаменных храмов).
В сводах для их облегчения применен туфообразный известняк. Храм стоит на уникальном фундаменте, состоящем из восьми рядов качественного гладкотесаного белого камня (в целом около 4 м глубиной), базирующихся на обычной для суздальского зодчества бутовой основе, почти квадратной в разрезе (глубиной около 2 м).
От храма XII века без существенных искажений до нашего времени сохранился основной объем – небольшой, слегка вытянутый по продольной оси (около 8 х 7 м без учета апсид, сторона подкупольного квадрата около 3,2 м) четверик и глава.
Церковь полностью отреставрирована за счет бюджетного финансирования в 1980-1982 гг., как уникальный памятник древнего зодчества, внесенный в список всемирного наследия ЮНЕСКО.
В середине 1990-х гг. церковь передана Владимирской епархии как бесприходный храм с особым статусом. В 2007-2009 гг. произведен повторный плановый ремонт, устроена туристическая тропа по программе федерального и местного финансирования.
Боголюбовский Луг является государственным заповедником, движение самоходных транспортных средств по нему запрещено Службы в храме ведутся только по большим двунадесятым праздникам.