Со времени первого основания храма Рождества Христова церковь в деревянном виде перестраивалась не менее восьми раз. Однако, как это не удивительно, она чудом пережила Смутное время с нашествием в 1612 году католиков - польско-литовских завоевателей.
В 1649 году, после католического нашествия, Рождественская церковь была перестроена - подновлена и расширена. Она стала колыбелью для будущего Успенского женского монастыря. Именно здесь поселились первые монахини.
В 1687 году, через 12 лет после этой описи, в храмах Рождества Христова и Николая Чудотворца побывали на службах братья царского рода Иоанн Алексеевич и Петр Алексеевич, а в 1696 году с помощью правившего тогда царя Петра Алексеевича (Петра I) вместо этих двух деревянных церквей был построен один каменный храм также в честь Рождества Христова с приделом Святителя Николая Чудотворца.
В 1829 году купец Федор Николаевич Баранов взамен деревянной построил при храме Рождества Христова каменную колокольню (местная власть разрушила ее в 1929 году).
При советской власти храм был закрыт. С 1920 по 1990 годы здесь размещались оперный театр, клуб, хлебозавод, дом художественного творчества, центр культуры ВНИИСИМСа.
Возрождение Христорождественского собора началось с 1991 года.