Начало села связано с трагическим для жителей уезда 1831 годом, когда эпидемия холеры, унесла жизни многих шуян.
Жители ближайших деревень охотно переезжали и строились на свободной земле близ фабричной Шуи, где были возможности для заработка. Селение разрасталось и возникла необходимость строительства собственной церкви.
На месте холерного захоронения в 1868 г. с благословения преосвященного Антония построена и освящена часовня. Позднее часовня была обращена в церковь (и освящена 01.10.1872).
До 1876 г. церковь была приписана к Воскресенскому собору. В 1876 г. были найдены средства на содержание отдельного причта, церковь стала приходской (в приходе в 1898 г. состояло 130 дворов с 600 прихожанами)
Видимо, первая церковь оказалась недостаточно вместимой и удачной в архитектурном отношении, так как уже в 90-е годы 19 в. встал вопрос о ее перестройке, “по-ветхости и тесноте”. Силами церковного старосты – инициативного шуянина Е.А. Гусева организационные вопросы строительства нового храма были решены положительно и оперативно.
Вместо старой обветшавшей церкви на кладбище была построена новая. Для строительства был выбран и выкуплен новый возвышенный и открытый участок (к северо-западу от кладбища), найдены меценаты, проведены строительные работы в 1891-1893 гг. Церковь построена “усердием шуйских граждан”, освящена преосвященным архиепископом Сергием (28.10.1893), колокольня построена в 1896 г.
Внутри церкви был “красивый” чугунный пол, духовая печь. В иконостасе “с резьбою по дереву” размещались 20 икон, писанных по золотому чеканному фону. Вес большого колокола составлял 160 пуд.
20 июня 1938 г президиум горсовета постановил использовать церковь "под хозяйственные цели". После закрытия в помещении храма были зерносклад, склад фабрики "Игрушка". Колокольня, ограда, купол, внутреннее оформление (иконостас, стенная роспись, пол, духовая печь) были утрачены.
Передача храма церкви произошла 30 января 1996 г. Первая служба проведена 11 апреля 1996 г. В 2002 г восстановлен иконостас (иконы написаны шуйским художником-иконописцем Токаревой И.А.). С 2003 г. в храме находятся мощи Святого мученика Авксентия (Калашникова) Сейчас храм активно восстанавливается - построена новая ограда, установлен купол, выполнен ремонт, предполагается восстановление колокольни.
В Петропавловской церкви в начале XX века происходили чудесные исцеления от иконы Святителя Николая.