Предположительно эта обитель была основана в 1252 году после нашествия на Переславль татар и погребения на этом месте переславского воеводы Жидиславы и тверской княжны.
Расцвет Борисоглебского монастыря пришелся на XVI век. В начале XVII века древний монастырь был разорен поляками – «… гордые паны немало поживились от этого монастыря, разорив его до неузнаваемости». В 1642 году благодаря иеромонаху Адриану обитель была восстановлена.
Борисоглебский монастырь «что на Песках» связан с именем почитаемого в Переславле святого Корнилия Молчальника (в миру - Конон). Корнилий Переславский родился в Переяславле-Рязанском (Рязань) в купеческой семье во второй половине XVII века. Оставив дом родителей он первоначально жил в Лукьяновой пустыни, после чего перешел в Борисоглебский монастырь, где принял пожизненный обет молчания.
Вскоре на территории обители на средства царевны Натальи Алексеевны началось строительство каменного храма в честь Смоленской иконы Божьей Матери с приделом Бориса и Глеба. В 1705 году отрыли мощи Корнилия и поместили в только что отстроенную церковь.
До 1744 года Борисоглебский монастырь принадлежал Синодальной области, а позднее был приписан к Переславской епархии. В 1750 году от имел 48 душ крестьян и вносил 1 рубль 50 копеек на содержание семинарии в Переславле. В 1764 году обитель упразднили, а церковь обратили в приходскую. При ней располагалось кладбище, где были захоронены многие видные горожане.
Смоленско-Корнильевская церковь с трапезной палатой, «покоями» (корпусом келий) и колокольней большей частью сохранилась. Обращает на себя внимание богатый карниз келий и горизонтально расчлененные пилястры. Композиция самой церкви типична для своего времени конца XVII – начала XVIII вв.
В приделе справа от алтаря находилась гробница Преподобного Корнилия, на ней – четки святого. Из образов, находящихся в церкви, особо почиталась окрестными жителями икона 7 спящих отроков. Постоянных прихожан было более 100 человек.
В отличие от многих других храмов, закрытых в первые годы после переворота 1917 года, Смоленско-Корнильевская церковь принимала прихожан почти до начала Великой Отечественной войны. Затем использовалась как склад. В 1960-е годы горел и частично был расхищен храмовый иконостас. Вплоть до середины 1970-х годов в кельях и трапезной проживали люди. В 1988 году обрушилась церковная колокольня.
В 1996 году Корнильевская церковь, а позднее и мощи святого Корнилия были переданы Никольскому женскому монастырю.