Древний портал южного фасада украшен уникальной для Новгорода архитектурной композицией - тремя окнами с узкими нишами. В 17 веке с западной стороны к храму была пристроена звонница, от которой сохранилось только кирпичное основание.
В 2001 году на особенный для новгородцев праздник - Чудо Знамения Божией Матери - в церкви Иоанна Богослова на Витке, переданной старообрядческой общине, состоялось первое полноценное богослужение.
Новгородская община Русской Православной Старообрядческой Церкви на собственные средства провела, соблюдая методику реставрации, большие реставрационные работы. Для малочисленной и бедной новгородской общины - это большой подвиг. Немалая заслуга в таком бережном отношении к прошлому Новгорода принадлежит старосте общины Александру Панкратову - историку, архивисту, реставратору иконописи, автору нескольких книг.
В 2005 году митрополитом Корнилием ко храму св. Иоанна Богослова на Витке священником поставлен диакон Александр Панкратов.