Церковь много раз горела, рушилась и перестраивалась. В 1405 г. во время пожара она "вся выгоре", а в 1411 г. архиепископ Евфимий поставил новую церковь Бориса и Глеба на старой основе. Окончательно храм разрушился и был разобран во второй половине XVII века.
Во время Смуты колокола монастыря были вывезены в Швецию. В 1695 году, на месте обветшавшей старой, строится новая церковь.
В 1700 году по указанию митрополита Иова в монастыре возводят пятиглавый Воскресенский собор.
Первоначальное упоминание о каменном одноглавом храме Бориса и Глеба относится к 1377 г. Храм неоднократно подвергался пожарам, а после последнего (1521 г.) пришел в ветхость и был разобран.
В 1536 г. силами двух улиц, Запольской и Конюховой, "всем приходом тое церкви, московскими гостьми и новгородскими и всем народом православных людей" началось строительство нового каменного пятиглавого храма с двумя приделами "на полатех" - св. Николая Чудотворца и св. Владимира. За пять месяцев церковь была построена, а в 1537 г. освящена. Храм строили тридцать человек, из них "20 человек больших мастеров". Тогда же был сооружен притвор.
В XVI веке церковь считалась соборной, а по актам XVII в. - ружною.
В 1715 г. храм пострадал от молнии, о чем была сделана надпись на старинной большой иконе Вседержателя при ее возобновлении: "...стрела громовая и молния опали святыя образа, престол и ризы, пророки и апостолы и праздничные в разных местах попалило...".
Церковь Бориса и Глеба - двухэтажная с одной алтарной апсидой и пристройкой с западной стороны. Пристройка (древний притвор) - двухэтажная с двумя поздними приделами: северный - во имя Покрова Пресвятой Богородицы, южный - св. Николая Чудотворца.
К началу XX века Борисоглебская церковь пришла в запустение. По донесению новгородского архиепископа Гурия в Св. Синод (1907 г.) она была одной из "беднейших церквей в империи".
В апреле 1933 года церковь Бориса и Глеба была закрыта. В 1992 году она передана Новгородской епархии и 6 августа того же года освящена.