Однако, в 1526 году церковь была заново перестроена.
Первоначально это были две самостоятельные приходские церкви, построенные на одном основании. С северной стороны к церкви Филиппа примыкала Никольская церковь. В 1608 году два прихода сливаются в один. В 1659-1660 гг. Никольская церковь становится трехэтажной.
В XVIII веке производится капитальная перестройка - Никольская церковь становится двухэтажной и преобразуется в придел. Одновременно возводится колокольня, которая примыкает к северо-западному углу Николаевского придела. В XIX веке церковь Филиппа с приделами подвергается ремонту. С запада к двухэтажной паперти пристраивается каменное крыльцо. В начале XX века северный Никольский придел прекратил свое существование. В 1962 году, в связи с переводом церкви Филиппа в действующую, в ней проводились исследовательские и реставрационные работы: раскрыты и восстановлены первоначальные порталы подцерковья.
В 1969-1970 гг. проводились обмеры и исследования памятника, из-под завалов раскрыты остатки стен Никольской церкви, составлен проект реставрации. Несмотря на перестройку, церковь Филиппа сохранила свой древний квадрат с одной апсидой в плане и на значительную высоту свои древние каменные стены. Самое необычное в том, что две церкви находятся под одной крышей. Это единственное в Новгороде архитектурное сооружение типа "сдвоенные" церкви, история которого уходит вглубь веков.