При церкви существовал купеческий суд во главе с тысяцким. который разбирал тяжбы по торговым делам.
Церковь также являлась своеобразной палатой мер и весов. Здесь хранились эталоны: "локоть ивановский" для измерения длины сукна, "гривенка рублевая" для взвешивания драгоценных металлов, "скалвы вощаные" - весы и другие образцы.
Существующая церковь относится к 1453 г., когда первоначальная была разобрана и по повелению архиепископа Евфимия на старой основе с использованием фундаментов и части стен была возведена новая с повторением прежнего архитектурного облика.
Церковь простояла около пяти столетий и была полностью уничтожена фашистами. Так что сейчас перед нами - своеобразная тройная копия. В советское время восстановили храм 15 века, который повторял здание 12 века. Слово (Опоки) в названии храма обозначает белую сероватую глину, которую в древности находили на этом месте.
Архитектура церкви Ивана на Опоках является переходной в истории Новгородского зодчества. С одной стороны сохраняются традиции парадного княжеского строительства начала 12 века, с другой - намечается тенденция к сокращению объема и упрощению архитектурных форм.